Agama dan pelayanan agama didaerah perbatasan juga memiliki beberapa persoalan penting. Pertama, sebagai wilayah yang berbatasan dengan negara tetangga, daerah perbatasan menjadi rentan terhadap masuknya ideologi-ideologi asing yang tidak selalu paralel dengan ideologi bangsa dan negara Indonesia. Bahkan daerah perbatasan disinyalir menjadi lalu-lintas persenjataan oleh teroris lintas negara.

Kedua, pengembangan SDM pelayanan agama di daerah perbatasan relatif lebih rendah jika dibanding dengan daerah-daerah lain terutama yang dekat dengan ibu kota provinsi. Karena relatif lebih rendah, maka pemerintah melalui Kementerian Agama mencoba membangun dan mengembangkan pendidikan agama untuk mengejar ketertinggalan dengan daerah lain. Ketiga, persoalan physical presence di mana bagian terbesar daerah perbatasan minim dengan simbol-simbol ini. Tidak hanya minimalnya fasilitas-fasilitas fisik, tetapi kehadiran aparatur dan minimnya akses pelayanan publik menjadi problem utama kinerja birokrasi.

Itu sebabnya, penelitian tentang pelayanan yang dilakukan Kementerian Agama untuk daerah-daerah perbatasan penting dilakukan. Selain dapat menjadi bahan evaluasi, diharapkan akan mampu mendorong masyarakat perbatasan memperoleh akses pelayanan keagamaan dengan baik untuk kemajuan pembangunan daerah perbatasan.

Tujuan penelitian ini adalah untuk menemukan problem-problem faktual tentang pelayanan keagamaan, terutama yang diberikan oleh Kementerian Agama di daerah perbatasan dan untuk melakukan identifikasi pelayanan keagamaan apa saja yang dilakukan serta pelayanan yang mungkin bisa dikembangkan oleh Kementerian Agama dalam rangka pembangunan daerah perbatasan.