Keterbatasan pada Pelaksanaan Pendidikan Agama Islam (PAI)

Penyelenggaraan PAI di sekolah tidak luput dari kelemahan dan keterbatasan. Struktur kurikulum sering disoroti, karena hanya mengalokasikan dua jam pelajaran per minggu untuk pendidikan agama. Kurikulum 2013 merespons kritik dengan tambahan satu jam, sehingga jumlahnya menjadi tiga jam pelajaran, tetapi kebijakan terkait kurikulum ini berubah.

Kelemahan dari segi hasil belajar, yang sering ditunjuk, adalah kemampuan baca tulis Alquran sebagian murid yag tamat SD di banyak daerah tergolong rendah. Sebagian mungkin tidak mampu membaca Alquran dengan lancar. Hal yang sama terjadi pada siswa pada tingkat atau jenjang yang lebih tinggi. Indikator lainnya adalah sebagian siswa belum menjalankan ibadah salat lima waktu secara teratur.