Kementerian Pembangunan Sekretariat Negara dengan menterinya bernama Oji alias Abdul Halim dari Pondok Aren, Tangerang. Pada 1991-1992 ia meninggalkan Pondok Aren lantaran menjadi buruan aparat karena terlibat kasus NII di Pondok Aren. Kementerian Pembangunan Dalam Negeri dengan menterinya bernama Nurdin alias Joni alias Yahya atau Abu Tsabit dari Jati Asih, Bekasi. Kementerian Pembangunan Luar Negeri dan Kementerian Pembangunan Pendidikan di pimpin langsung oleh AS Panji Gumilang.  

Kementerian Pembangunan Pertahanan dengan menterinya bernama Handoko alias Abdul Rauf alias Syarwani. Lelaki dari Bekasi itu juga merangkap jabatan sebagai ketua YPI Ma'had Al Zaytun dan Menteri Pertahanan Keamanan. Kementerian Keuangan dengan menterinya bernama Asmadi alias Aseng alias Ali alias Iskandar alias Saefullah alias Syaf Allah dari Pekayon, Bekasi. Kementerian Pembangunan Penerangan dengan menterinya bernama Edi Suwaidi alias Abu Hanifah dari Cilandak, Jakarta Selatan. 

Kementerian Pembangunan Urusan Hukum dan Syariat dengan menterinya bernama Azwar alias Abu Qosim dari Aceh. Kementerian Pembangunan Aparatur Negara dengan menterinya bernama Taufiq. Kementerian Pembangunan Kesehatan dengan menterinya bernama A Mufakkir alias Abdullah Al Hayyi dari Kebayoran Lama, Jakarta Selatan. Kementerian Pembangunan Kesejahteraan Umat dengan menterinya bernama Jajuli alias Roby alias Silmi Aulia dari Haurgeulis, Indramayu. Kementerian Pembangunan Logistik dan Pembekalan dengan menterinya bernama Idris Darmin alias Furqon Prawira Negara. 

Kementerian Pembangunan Perdagangan dengan menterinya bernama Carsadi alias Abdul Jabbar dari Brebes, Jawa Tengah. Kementerian Pembangunan Kerja Raya dengan menterinya bernama M. Anhar namun ia mengundurkan diri setelah dianggap menyimpang. Kementerian Pembangunan Peningkatan Produksi Pangan dengan menterinya bernama Imam Supriyanto dari Subang. Ia juga menjabat sebagai wakil ketua YPI Ma'had Al Zaytun. 

Pemerintah AS Panji Gumilang juga memiliki Dewan Fatwa yang diketuai oleh Adah Djaelani, Ulen Sudjai, Muraidi alias Abu Ansori. Mahkamah Agung dipimpin oleh Ahmad Husen Salikun. Dewan Syuro atau legislatif di pimpin Miftah alias Ja'far Syubbani. 

Pemerintah NII yang dipimpin AS Panji Gumilang juga mengakar hingga ke tingkat daerah. Di beberapa provinsi ada sejumlah orang yang mengajar sebagai gubernur NII yang pusat pemerintahannya di Al Zaytun. Mereka adalah Gubernur Wilayah 1 Jabar Utara, Mustawa (nama samaran) tinggal di Cirebon. Gubernur Jabar Selatan, Abu Fatin dari Bandung. Gubernur Wilayah 2 Jawa Tengah, Mizan Siddiq dari Yogya. Gubernur Wilayah 3 Jawa Timur, Deden alias Ansory dari Banten. Gubernur Wilayah 9 meliputi Jakarta, Bekasi, Tangerang, Banten, adalah Lukman Hakim asli Betawi.

"Di luar pulau Jawa, belum ada gubernur. Yang ada adalah koordinator tingkat wilayah yang dalam praktiknya disamarkan dengan alibi perwakilan YPI Al Zaytun, tugas pokoknya adalah menjaring calon santri dari masyarakat warga Mekah (RI)," tulis dokumen tersebut.

Panji waktu itu menjalani pemeriksaan di Mabes Polri dalam kasus dugaan pemalsuan. Dia membantah dikait-kaitkan dengan NII yang beberapa bulan belakangan menjadi perbincangan karena sistem perekrutan yang dikabarkan dengan cara cuci otak. Ia malah berkilah tidak paham dengan dengan organisasi tersebut. "Ah, nggak ada itu (NII). Tidak paham, tidak ada," kelitnya.