Ketika melakukan ekspedisi mencari rempah-rempah, Perkumpulan Dagang Belanda (VOC) semula tidak berminat membuat pangkalan di Sunda Kalapa. Mereka memilih Ambon, produsen rempah-rempah. Pertimbangan kemudian berubah karena letak Sunda Kalapa lebih dekat ke Eropa.

Pada 1619, VOC menyerbu Jayakarta yang menguasai Sunda Kalapa. Kadipaten Jayakarta di bakar habis, termasuk masjid. Penduduknya kemudian hijrah ke Jatinegara Kaum di Pulo Gadung, Jakarta Timur.

Penduduk asli Betawi tidak dibenarkan tinggal di muara Ciliwung. Pada masa Jayakarta, daerah ini (sekitar terminal angkutan sekarang) khusus untuk hunian pejabat tinggi Jayakarta. Di dekatnya (sekitar Stasiun Beos), masih ada binatang buas yang menjadi tempat buruan ningrat Jayakarta.

Masa VOC berlangsung sampai 1799, ketika organisasi dagang yang punya hubungan sampai Jepang dan Amerika Latin ini dinyatakan bangkrut dan meninggalkan utang. Kejatuhan VOC akibat korupsi besar-besaran.