Catatan penting tentang eksistensi Yahudi di Nusantara ditulis Rabi Yacob Saphir. Dalam perjalanan ke Australia untuk mengumpulkan dana bagi pembangunan permukiman Yahudi di Palestina, Rabbi Saphir tiba di Singapura, kota di Asia Tenggara dengan pemukim Yahudi Shepardic yang mapan; memiliki beberapa sinagog dan rabi.  

Sebelum bertolak ke Australia, Rabi Saphir disarankan mengunjungi masyarakat Yahudi di Batavia, Semarang, dan Surabaya. Ia memenuhi saran itu dan mengunjungi tiga kota di Jawa pada 1861, untuk bertemu keluarga-keluarga Yahudi.   

Di Batavia, Rabi Saphir bertemu 20 keluarga Yahudi. Dalam catatan perjalanannya ia menulis, “Mereka tidak lagi menjalankan ritual Judaisme, mengadakan upacara brit milah (mengkhitan anak laki-laki), karena ketiadaan pemuka agama.”  

Jika keluarga Yahudi di Batavia ingin mengkhitankan anak laki-lakinya, mereka harus mengumpulkan banyak uang untuk memanggil rabi dari Singapura. Situasi serupa juga dijumpai Rabi Saphir di Semarang, tapi tidak di Surabaya.