Pada1989, saat puncak Intifada Palestina pertama, Deif ditangkap oleh Israel dan dibebaskan setelah 16 bulan ditahan. Dia menjadi kepala Brigade Qassam pada 2002 setelah Israel membunuh pendahulunya dan pemimpin pendiri, Salah Shehadeh. Beberapa upaya dalam hidupnya dimulai setelah dia menggantikan Shehadeh.

Deif berarti “pengunjung” atau “tamu” dalam bahasa Arab, dan ada yang mengatakan hal itu karena komandan militer Hamas selalu bergerak diiringi pemburu Israel.

Menurut laporan, Deif kehilangan matanya dan menderita luka serius di salah satu kakinya dalam salah satu upaya pembunuhan Israel. Kelangsungan hidupnya saat memimpin sayap bersenjata Hamas menjadikannya “pahlawan rakyat” di kalangan warga Palestina.