Sejak itu, kantor pusat SDI berpindah ke Surabaya. Nama organisasi ini juga berubah menjadi Sarekat Islam (SI) sehingga kian menegaskan inklusivitasnya bagi seluruh pribumi Muslim, apa pun latar pekerjaan mereka.

Selama memimpin SI, HOS Tjokroaminoto mengarahkan organisasi ini agar berhaluan nasionalisme yang merangkul seluruh suku bangsa di Tanah Air. Langkah ini tentu saja merupakan terobosan pada zamannya.

Dalam Kongres Nasional Pertama Central Sarekat Islam pada 1916, diserukannya para anggota SI untuk mengedepankan prinsip persatuan di atas keberagaman.

Gagasan nasionalisme yang dikibarkan HOS Tjokroaminoto tidak untuk dibentur-benturkan dengan keislaman. Dalam sebuah artikel pada harian Fadjar Asia pada 1924—seperti dikutip Aji Dedi Mulawarman dalam buku Jang Oetama (2015: 35)— Tjokroaminoto menegaskan bahwa nasionalisme yang diyakininya bukanlah semacam Nasionalisme Turki, yang menghendaki kemerdekaan dari ruh Islam dan menggantikannya dengan ruh berwajah Barat.