Ben-Gurion menyetujui usulan tersebut dan pada tanggal 13 Desember 1949 mengumumkan pembentukan badan yang dipimpin oleh Reuven Shiloh. Ditetapkan bahwa tanggal pendiriannya adalah tanggal berdirinya lembaga tersebut, yang kemudian disebut lembaga intelijen dan tugas khusus.

Badan koordinator ini belum melakukan operasi pengumpulan intelijen di luar negeri (yang kemudian dilakukan di departemen khusus di Kementerian Luar Negeri - "Deat"), hingga pada awal tahun 1951 diputuskan untuk membentuk otoritas pusat untuk pengumpulan intelijen di luar negeri, menjadi bawahan lembaga tersebut. Badan ini (disebut otoritas) adalah badan utama Mossad pada tahun-tahun awalnya dan kemudian menjadi divisi "Junction" yang menangani perekrutan dan pengoperasian agen.

Pada tahun 1952, Reuven Shiloh menyelesaikan masa jabatannya sebagai kepala Mossad dan sebagai gantinya diangkat Isser Harel, yang sebelumnya menjadi kepala Shin Bet (Hasbak) dan sejak saat itu dianggap bertanggung jawab atas kedua organisasi tersebut. 

Harel menjabat sebagai kepala Mossad hingga tahun 1963, dan selama masa jabatannya, Mossad bertambah sekitar 80 karyawan menjadi lebih dari 620 karyawan. Bahkan Mossad memperluas aktivitasnya dan terlibat dalam berbagai tugas pengumpulan intelijen dan operasi khusus.