Ayahnya adalah Ali Zainal Abidin bin Husain bin Ali dan ibunya adalah Fatimah binti Hasan bin Ali yang lebih dikenal sebagai Umi Abdullah.

Ibnu Hajar Al Haitsami rah menulis: "Muhammad Baqir merupakan pembedah harta pengetahuan yang tersimpan." kata Hajar seperti ditulis Abdurrahman Ahmad As-Sirbuny dalam bukunya "198 Kisah Haji Wali-Wali Allah"

Abdurrahman menuliskan, bahwa Al-Baqir dapat memaparkan hakikat-hakikat yang tersembunyi dari hukum-hukum, hikmah, dan rahasia keilmuan. Berbagai rahasia keilmuan yang tidak ada kemungkinan untuk dibeberkan pada masa-masa sebelumnya telah dipaparkan pada masanya dengan jelas. 

"Karena alasan-alasan itulah dia disebut sebagai Baqirul Ulum (sang pembedah ilmu)," katanya.

Menurutnya, ketika datang musim haji, ribuan umat Islam, baik dari Irak maupun dari Iran berbondong-bondong dengan menyempatkan diri mendengar nasihat atau meminta fatwa atau sekedar berziarah kepada Muhammad Al-Baqir.

Pada saat itu bertepatan khalifah Hisyam bin Abdul Malik melaksanakan Haji, Khalifah memandang al-Baqir dikerumuni kaum muslimin yang mencintainya dan dia bertanya kepada para pengawalnya.

"Siapakah dia?"

Para pengawalnya berkata. "Dia adalah orang yang telah membuat masyarakat kufah takjub, dia adalah Imam dan Irak," katanya.