Meskipun memiliki manfaat yang signifikan, program MBG ini tentu saja menghadapi tantangan besar, terutama dalam aspek distribusi dan pengadaan bahan makanannya. Dia tak menampik salah satu tantangannya adalah berisiko mengalami pemborosan karena sifat sasarannya yang universal, di mana anak-anak dari keluarga mampu juga menerima manfaatnya meskipun tidak membutuhkannya.

"Selain itu, pemantauan kualitas makanan juga menjadi tantangan tersendiri. Sulit untuk memastikan bahwa setiap makanan yang disajikan benar-benar memenuhi standar gizi dan kualitas yang ditetapkan," kata Wisnu, Jumat (2/5/2025).

Mengingat anggaran yang terbatas, program ini sebaiknya difokuskan pada anak-anak dari keluarga kurang mampu terlebih dahulu. Wisnu juga menyarankan agar pemerintah memprioritaskan daerah dan sekolah dengan tingkat food insecurity tertinggi. 

"Solusi lainnya adalah dengan memberikan subsidi bahan pangan bagi keluarga miskin, voucher makanan, atau insentif bagi sekolah untuk menyediakan makanan bergizi dengan pendanaan yang lebih fleksibel," ujarnya.

Selain itu, Wisnu menyoroti pemantauan kualitas makanan juga menjadi tantangan tersendiri. Menurutnya, sulit untuk memastikan bahwa setiap makanan yang disajikan benar-benar memenuhi standar gizi dan kualitas yang ditetapkan. Oleh karenanya, dia menyampaikan pemerintah Indonesia bisa belajar dari negara lainnya yang juga menjalankan program pemberian makan gratis bagi anak sekolah.

Tidak sampai itu, Wisnu menyebutkan perlunya dilakukan pengawasan secara ketat untuk memastikan efektivitas anggaran dan mencegah penyimpangan. Transparansi dan akuntabilitas juga perlu diperkuat, misalnya dengan sistem audit independen serta keterlibatan masyarakat dalam pengawasan pelaksanaan program.

Wisnu berharap bahwa program ini tidak hanya menjadi kebajikan populis dalam jangka pendek tetapi diharapkan dapat menciptakan dampak nyata.

"Selain itu, pendekatan desentralisasi bisa menjadi strategi yang lebih efektif, karena pemerintah daerah lebih memahami kebutuhan wilayahnya serta dapat memberdayakan UMKM lokal dalam penyediaan bahan pangan," ujarnya.

"Harapannya dapat meningkatkan kualitas sumber daya manusia. Tentunya dengan dukungan mekanisme pendanaan yang berkelanjutan dan efisien," ungkapnya menambahkan.

Sebelumnya, Kepala Dinas Pendidikan Pemuda dan Olahraga (Disdikpora) Kota Yogyakarta, Budi Santosa Asrori tak banyak berkomentar terkait berhentinya program MBG di sejumlah sekolah. Dia menyampaikan penghentian ini hanya terjadi di sekolah-sekolah yang berada dalam naungan Satuan Pelayanan Pemenuhan Gizi (SPPG) Kecamatan Kotagede.

Lanjutnya, Pemkot Yogyakarta tidak bisa berbuat banyak terkait penghentian MBG itu, karena program ini berada  di bawah kewenangan BGN.

"Bukan kewenangannya (Pemkot Yogyakarta), kewenangan (program MBG ada di) Badan Gizi Nasional," kata Budi.