Implementasi kebijakan SKB seolah-olah melindungi maupun  menguntungkan pihak JAI. Dalam implemtasi kebijakan SKB menurut  para pemuka agama sangat sulit karena pihak JAI kalau diundang tidak mau hadir. Faktor penghambat para pemuka agama dalam implementasi SKB adalah karena kewenangan dalam pembinaan JAI hanya dilimpahkan kepada pihak Kementerian Agama saja; sedangkan faktor pendorongnya adalah bila pemuka agama diikutkan dalam kegiatan pembinaan oleh pihak Kementerian Agama. Saran pemuka agama kepada pemerintah adalah walaupun sosialisasi SKB belum maksimal, sebaiknya pelimpahan wewenang dalam pembinaan terhadap JAI jangan dibatasi kepada pihak Kementerian Agama saja, melainkan juga kepada para pemuka agama dan Ormas-ormas Islam.

Kedua, walaupun pelaksanaan  sosialisasi PBM  telah mendapatkan dukungan dari Pemerintah Daerah maupun Majelis-majelis agama di daerah, namun sosialisasinya  masih belum sampai ke tingkat bawah. Implementasi  kebijakan PBM  menguntungkan pihak mayoritas;  Selain itu berdasarkan hasil analisis kuantitatif menyatakan bahwa pemahaman  pemuka agama terhadap substansi PBM baru mencapai 52 persen dan umat Islam cenderung menghendaki PBM ditingkatkan menjadi Undang-undang (67 persen), sementara non muslim cenderung menolak.

Implementasi  kebijakan PBM  yang dilakukan para pemuka agama dalam kegiatan sosialisasi peserta yang diundang hanya terbatas untuk kalangan tertentu saja,  sehingga dalam pelaksanaan sosialisasi berulang kali yang datang itu-itu saja orangnya. Faktor  penghambat dalam implementasi PBM menurut para pemuka agama  adalah yang hadir dalam sosialisasi orangnya tidak nampak dari kalangan bawah;