Sebelumnya, Dinas Kebudayaan dan Permuseuman DKI telah mengadakan penelitian arkeologi untuk membuktikan sisa-sisa dan fondasi di sekitar Kastil Batavia. Penelitian selama 10 hari menemukan sisa-sisa bata lama bagian dari kastil sesuai ukuran dan bentuk aslinya.

Juga ditemukan pecahan-pecahan keramik Cina dan Eropa dari berbagai periode. Selain itu, kata Husnison Nizar, arkeolog dari Dinas Kebudayaan dan Permuseuman DKI, ditemukan pinggiran Kali Besar di kedua sisinya.

Hasilnya menunjukkan, tiga abad lalu, Kali Opak di depan Kafe Galangan Kapal Batavia di Jalan Tongkol (dekat Museum Bahari), dua kali lebih lebar dari sekarang. Lokasi Kastil Batavia ketika itu dikelilingi parit-parit yang kini merupakan sungai-sungai.

Di sisi timur berupa Kali Besar. Sisi utara dan barat adalah Kali Opak.