Tidak hanya itu, fatwa MUI tersebut juga menetapkan batas atau cara khitan perempuan. Dalam pelaksanaannya, menurut Komisi Fatwa MUI, khitan terhadap perempuan harus memperhatikan hal-hal sebagai berikut: 

1. Khitan perempuan dilakukan cukup dengan hanya menghilangkan selaput (Jaldah/colum/praeputium) yang menutupi klitoris. 

2. Khitan perempuan tidak boleh dilakukan secara berlebihan, seperti memotong atau melukai klitoris (insisi dan eksisi) yang mengakibatkan dlarar. 

Sunat perempuan berbeda dengan female genital mutilation. - (Republika)

Terkait praktik sunat perempuan ini, bahkan Komisi Fatwa MUI juga memberikan beberapa relomendasi. Diantaranya, meminta kepada Pemerintah cq. Departemen Kesehatan untuk menjadikan fatwa ini sebagai acuan dalam penetapan peraturan/regulasi tentang masalah khitan perempuan.