Prasasti dan makam kuno
Di luar bangunan utama, terdapat dua buah paviliun yang pada salah satunya terdapat prasasti batu yang menuliskan sejarah masjid.
Prasasti batu tersebut merekam pernyataan Kaisar Kangxi dari Dinasti Qing setelah dilakukan renovasi besar terhadap bangunan Masjid Niujie pada tahun 1696.
Prasasti tersebut menuliskan tanggal pembangunan masjid serta tanggal renovasi dan penambahan bangunan di setiap periode sejak Dinasti Liao (907-1125).
Restorasi masjid yang dilakukan pada masa pemerintahan Kaisar Kangxi menjadikan bentuk bangunan Masjid Niujie banyak dipengaruhi oleh gaya arsitektur Qing yang juga terlihat di bangunan-bangunan utama yang didesain pada masa itu.
Di bagian selatan kompleks masjid, terdapat hutan cemara dan dua buah makam kuno bertuliskan aksara Arab, milik dua orang imam asal Persia yang menyebarkan Islam di sini, yakni Ahmad Burdani (berangka tahun 1320) dan Ali (tahun 1283).
Tulisan yang terdapat di batu nisan kedua makam tersebut sangat penting dalam memaparkan sejarah Islam di negeri Cina.
Selain Masjid Niujie, di dalam kompleks masjid juga terdapat beberapa bangunan lainnya, seperti madrasah, rumah imam, ruang guru, menara azan, menara pengamat bulan yang berbentuk heksagonal, serta dua buah paviliun tempat ukiran prasasti.
Menara pengamat bulan yang terletak di dalam kompleks berarsitektur heksagonal dan bertingkat dua. Menara setinggi 10 meter ini digunakan untuk mengetahui posisi bulan guna menentukan kalender Islam.
Di sebelah menara pengamat bulan, terdapat ruangan ibadah. Sementara itu, di sebelah timur ruangan ibadah ini terdapat sebuah halaman. Di tempat ini, terdapat ruangan untuk mengambil air wudhu.
Bangunan menara lain yang terdapat di dalam kompleks Masjid Niujie adalah menara azan. Menara ini bertingkat dua dan terletak di tengah-tengah halaman. Pada awalnya, menara ini dibangun untuk menyimpan teks tulisan.
Namun, pada masa berikutnya, mulai digunakan sebagai menara azan. Saat waktu shalat tiba, muazin akan naik ke menara dan memanggil orang-orang untuk beribadah.
Selain itu, di dalam kompleks masjid juga terdapat sebuah perpustakaan yang menyimpan koleksi teks Alquran. Ruangan perpustakaan ini pada masa awal berdirinya Masjid Niujie pernah dijadikan sebagai tempat percetakan.