REPUBLIKA.CO.ID, Dari sisi metodologi, Al-Maraghi bisa disebut telah mengembangkan metode baru. Bagi sebagian pengamat tafsir, Al-Maraghi adalah mufassir yang pertama kali memperkenalkan metode tafsir yang memisahkan antara "uraian global" dan "uraian rincian".
Sehingga penjelasan ayat-ayat di dalamnya dibagi menjadi dua kategori, yaitu ma’na ijma-li dan ma’na tahlili. Kemudian, dari segi sumber yang digunakan selain menggunakan ayat dan atsar (riwayat), Al-Maraghi juga menggunakan ra’yi (nalar) sebagai sumber dalam menafsirkan ayat-ayat.
Namun perlu diketahui, penafsirannya yang bersumber dari riwayat (relatif) terpelihara dari riwayat yang lemah (dha'if) dan susah diterima akal atau tidak didukung oleh bukti-bukti secara ilmiah. Hal ini diungkapkan oleh Al-Maraghi sendiri pada mukadimah tafsirnya.
Al-Maraghi sangat menyadari kebutuhan kontemporer. Dalam konteks kekinian, merupakan keniscayaan bagi mufassir untuk melibatkan dua sumber penafsiran, aql dan naql. Karena memang hampir tidak mungkin menyusun tafsir kontemporer dengan hanya mengandalkan riwayat semata, selain karena jumlah riwayat (naql) yang cukup terbatas juga karena kasus-kasus yang muncul membutuhkan penjelasan yang semakin komprehensif, seiring dengan perkembangan problematika sosial, ilmu pengetahuan, dan teknologi yang berkembang pesat.
Sebaliknya, melakukan penafsiran dengan mengandalkan akal semata juga tidak mungkin, karena dikhawatirkan rentan terhadap penyimpangan-penyimpangan, sehingga tafsir itu justru tidak dapat diterima.
Namun tidak dapat dipungkiri, Tafsir Al-Maraghi sangat dipengaruhi oleh tafsir-tafsir yang ada sebelumnya, terutama Tafsir Al-Manar. Hal ini wajar karena dua penulis tafsir tersebut, Muhammad Abduh dan Rasyid Ridha, adalah guru yang paling banyak memberikan bimbingan kepada Al-Maraghi di bidang tafsir.
Bahkan, sebagian orang berpendapat bahwa Tafsir Al-Maraghi adalah penyempurnaan terhadap Tafsir Al-Manar yang sudah ada sebelumnya. Metode yang digunakan juga dipandang sebagai pengembangan dari metode yang digunakan oleh Muhammad Abduh dan Rasyid Ridha.