Lebih lanjut, Moeldoko pun mengaku pernah dua kali diundang ke Ponpes Al Zaytun untuk memberikan ceramah kebangsaan. Namun saat itu ia menilai norma-norma kebangsaan di ponpes Al Zaytun masih berjalan baik.

"Ya kan kita gak ngerti apa yang terjadi secara utuh di dalam. Tapi yang saya lihat bahwa norma-norma apa itu, kebangsaan itu berjalan di sana. Lagu Indonesia Raya itu selalu dinyanyikan. Gitu. Jadi kesehariannya kan aku dari situ. Tapi secara aku hanya melihat bahwa nilai-nilai kebangsaan, Pancasila dst selalu dibicarakan di sana," jelas dia.

Moeldoko sendiri mengaku tak mengetahui jika ada dugaan penyimpangan ajaran di ponpes tersebut. Menurut dia, perlu dilakukan pendalaman untuk mengetahui secara utuh paham yang diajarkan ponpes Al Zaytun.

"Bahwa kalau persoalan itu kan perlu ada pendalaman. Harus ditongkrongin di sana, melihat kesehariannya seperti apa. Kalau hanya sekilas kan saya engga ngerti. Bagaimana yang sesungguhnya itu apa," kata dia.

Moeldoko mengatakan, ada lembaga sendiri seperti MUI untuk melakukan penindakan jika ada penyimpangan ajaran ideologi di ponpes Al Zaytun. Selain itu, ia juga meminta agar kontroversi ini tidak dibiarkan berlarut-larut sehingga ribuan anak didik di ponpes tersebut bisa mendapatkan kepastian.

Sebelumnya, Presiden Joko Widodo (Jokowi) membantah ada pihak Istana yang melindungi keberadaan Ponpes Al Zaytun di Indramayu. Ponpes Al Zaytun mendapatkan sorotan masyarakat karena sejumlah paham dan ajarannya dinilai menyesatkan. "Saya dong istana? Ndak lah, ndak ndak ndak," kata Jokowi di Pasar Palmerah, Jakarta Pusat, Senin (26/6/2023).

Jokowi juga membantah bahwa Kepala Staf Kepresidenan Moeldoko pun memberikan perlindungan kepada ponpes ini. "Ndak ndak ndak," ujarnya.

Jokowi mengaku, telah menginstruksikan Menko Polhukam Mahfud MD dan Menteri Agama Yaqut Cholil Qoumas untuk mendalami terkait keberadaan ponpes Al Zaytun. "Ya sabarlah itu Pak Menko Polhukam, Pak Menteri Agama, sudah saya perintahkan untuk mendalami untuk mendalami," kata Jokowi.

Karena itu, Jokowi meminta masyarakat untuk bersabar menunggu hasil pendalaman. Ia berjanji, akan segera menyampaikan ke masyarakat jika sudah mendapatkan laporan hasil pendalaman Ponpes Al Zaytun. "Nanti kalau hasilnya sudah ada saya sampaikan," ujarnya.