Belanda cenderung berbeda daripada Portugis setelah menguasai Melaka. Di antara kota-kota pelabuhan lain, Belanda memilih Batavia (kini Jakarta), alih-alih Melaka, sebagai bandar utama sekaligus pusat kekuasaan di Nusantara. Akan tetapi, Selat Melaka tetap dikuasainya. Dengan begitu, Dinasti Melaka yang tersisa tidak bergeser dari Johor.
Jatuhnya Melaka ke tangan bangsa-bangsa non-Muslim membuatnya tidak lagi bersinar selayaknya pusat peradaban Islam di Nusantara. Melaka kemudian menjadi daerah taklukan dari satu penguasa ke penguasa lain asal Eropa. Pada 1795, Perang Napoleon pecah sehingga mengubah geopolitik kolonialisme di Timur. Melaka jatuh ke tangan Inggris.
Sesudah perang itu mereda, Melaka dikembalikan kepada Belanda pada 1818. Namun, pelabuhan ini diberikan lagi kepada Inggris sebagai kompensasi penyerahan Bengkulu. Demikianlah keadaannya, kolonialisme Inggris yang berpusat di Singapura terus mengendalikan Semenanjung Malaya, termasuk Melaka.
Pada 1957, Federasi Malaysia memaklumkan kemerdekaan. Melaka menjadi salah satu bagian dari negara baru ini, sampai sekarang.