REPUBLIKA.CO.ID, JAKARTA – Pada 2002 lalu, terdapat upaya untuk melakukan investigasi dan penelitian terhadap institusi Al Zaytun. Hal itu dilakukan masing-masing oleh pertama tim bentukan Majelis Ulama Indonesia (MUI) dan tim kedua Tim Investigasi Aliran Sesat (TIAS), yang dibentuk Forum Ulama Umat Indonesia (FUUI) terkait investigasi gerakan Negara Islam Indonesia Komandemen Wilayah IX (NII KW 9) yang berpusat di Ma'had Al Zaytun, Indramayu, Jawa Barat. 

Republika.co.id mendapat hasil penelitian dari masing-masing organisasi tersebut, yang menemukan banyak dugaan penyimpangan di Al Zaytun. Berikut kumpulan hasil temuan MUI dan FUII terkait Al Zaytun: 

Hasil Temuan Tim MUI

Pertama, NII KW IX adalah salah satu gerakan sempalan dari gerakan NII yang dipimpin oleh Panji Gumilang alias Abdul Salam alias Prawoto.