Gratifikasi itu dia terima melalui salah satu perusahaan miliknya, yakni PT Artha Mega Ekadhana (AME). Perusahaan ini bergerak dalam bidang jasa konsultansi terkait pembukuan dan perpajakan.
Rafael sering kali merekomendasikan PT AME kepada para wajib pajak yang memiliki permasalahan pajak. Khususnya terkait kewajiban pelaporan pembukuan perpajakan pada negara melalui Ditjen Pajak. Dia diduga menerima gratifikasi 90 ribu dolar AS melalui perusahaan miliknya itu.
Kemudian, KPK melakukan pengembangan terhadap kasus tersebut dan menetapkan Rafael Alun sebagai tersangka dugaan tindak pidana pencucian uang (TPPU). Dia diduga menyamarkan sejumlah aset miliknya yang berasal dari hasil korupsi. Berdasarkan hasil penyidikan awal, nilai pencucian uang itu ditaksir mencapai Rp 100 miliar.