Menurut Waryono, Pesantren Al Zaytun masih memenuhi lima rukun pesantren tersebut. Selain itu, menurut dia, di Al Zaytun juga terdapat beberapa lembaga pendidikan, mulai tingkat dasar hingga perguruan tinggi. 

"Jadi yang perlu saya sampaikan di Al Zaytun itu, ada madrasah, ada perguruan tinggi, dan masing-masing ada tupoksinya," ujar Waryono. 

Terkait kurikulumnya sendiri, menurut Waryono, tak ada yang menyimpang dalam praktik pendidikan di Ponpes Al Zaytun alias aman. Menurut dia, hal itu berdasarkan penelitian dalam buku berjudul "Al-Zaytun: The Untold Stories". 

"Itu kan berdasarkan riset puslitbang, riset lembaga nirlaba, itu ada bukunya Al-Zaytun: The Untold Stories, bisa dicari di toko buku. Karena memang yang kami baca kan kurikulum yang disajikan. Lah, hidden kurikulumnya kan kita gak tahu," ucapnya. 

Menurut dia, bisa saja Al Zaytun mendesain  kurikulumnya tampak normal di permukaan. Namun, di balik itu bisa saja ada kurikulum yang tersembunyikan. Karena itu, menurut dia, untuk mengetahui kurikulum sebenarnya harus menggunakan cara intelejen. 

"Jadi untuk menelisik kurikulum kan berarti harus pakai cara intelejen misalnya gitu ya," kata Waryono.

Sebelumnya, Gubernur Jawa Barat, Ridwan Kamil juga mengindikasikan adanya aliran dana Al Zaytun kepada kelompok Negara Islam Indonesia (NII). Terkait hal ini, Waryono menyerahkan kepada Pusat Pelaporan dan Analisis Transaksi Keuangan (PPATK) untuk menelusurinya.

"Iya, pasti (koordinasi dengan PPATK). Kan Pak Mahfud sudah menyampaikan informasi rekening kan. Iya to? Itu kerjanya PPATK. Bukan kerjaan PHDI atau saya, gak bisa saya,"  jelasnya.