Dengan usaha yang kini terus berkembang, sebelumnya jaringan restoran Mie Gacoan sempat tersandung sejumlah kasus. Gerai Mie Gacoan di beberapa kota pernah mengalami penyegelan lantaran disebut belum memenuhi persyaratan perizinan, termasuk di Serpong (Banten), Bogor (Jawa Barat), dan Kediri (Jawa Timur).
Selain itu, Mie Gacoan pernah terancam gagal mendapat sertifikasi halal karena dahulu menu-menunya menggunakan nama-nama dengan unsur setan dan iblis. Nama-nama menu itu kemudian disesuaikan, sehingga Mie Gacoan akhirnya bisa mengurus sertifikat halal.
Perjalanan mendapatkan sertifikasi halal itu pun tidak singkat. Pada akun media sosial Instagram @miegacoan dibagikan bahwa jaringan restoran Mie Gacoan mendapat "sertifikat halal manufacturing" pada November 2022. Artinya, seluruh bahan-bahan untuk memproduksi makanan di Mie Gacoan dinyatakan halal.
Namun, sertifikat halal manufacturing bukan untuk gerai kuliner Mie Gacoan. Terkait sertifikasi halal dari Majelis Ulama Indonesia (MUI) untuk semua gerai reatorannya, Mie Gacoan baru mendapatkannya pada Juni 2023, dengan nomor sertifikat ID00110004250910423.
