Namun, itu tidak berlangsung lama. Pada 1626 Raja Portugis Philip IV memerintahkan pengusiran Muslim dari pulau itu.
Beberapa dari mereka pergi, sementara 4.000 orang ditawari perlindungan oleh Raja Senerath dari Kandy yang memberi mereka perlindungan di provinsi timur Batticaloa. Banyak yang akhirnya kembali ke pulau itu. Beberapa menyembunyikan identitas Muslim mereka atau tetap bersembunyi.
Setelah Sri Lanka memperoleh kemerdekaannya dari Inggris, akhirnya perang saudara pecah antara mayoritas Buddha Sinhala dan minoritas Tamil Hindu yang menginginkan negara terpisah antara utara dan timur. Konflik berdarah berlangsung dari 1983 hingga 2009 dengan kemenangan Sinhala.
Sementara Muslim membayar harga untuk non-kekerasan dan penghindaran militansi Tamil mereka. Di utara dan timur yang terkena dampak konflik, mereka dibunuh, secara etnis dibersihkan, diculik dan terusir dari rumah mereka.
Seorang biksu Buddha di Vihara Gintota, Ambalangoda Sumedhananda Thero mengatakan Islam bertujuan megambilalih wilayahnya. “Tujuan Muslim adalah mengambil alih semua tanah kami dan semua yang kami hargai. Pikirkan apa yang dulunya adalah tanah Buddha: Afghanistan, Pakistan, Kashmir, dan Indonesia. Mereka semua telah dihancurkan oleh Islam,” katanya.
