Allah SWT menghukum keduanya dengan memotong kedua sayapnya. Allah SWT lantas memberikan pilihan kepada mereka, mereka ingin dikembalikan ke keadaan semula tetapi akan mendapat azab pada saat kiamat atau disiksa di dunia kemudian akan dikembalikan ke keadaan semula di akhirat.
Lalu mereka memilih siksa di dunia karena siksa di dunia akan cepat berakhir. Allah SWT pun lantas menyuruh mereka datang ke Babilonia dan dihukum masuk ke dalam sumur dalam posisi telungkup hingga hari kiamat tiba.
Dalam versi lain dari Ibnu Jarir dari Rabi disebutkan kisah bahwa para malaikat mengutuk manusia karena berbuat kerusakan. Manusia berbuat zalim, meminum khamar, dan berzina. Lalu Allah SWT mengutus dua malaikat Harut dan Marut turun ke bumi untuk menasihati manusia. Setelah sekian lama di dunia, mereka tertarik kepada perempuan cantik bernama Zahrah.
Namun, Zahrah yang seorang penyembah patung mengajukan syarat. Sebagai syarat mendekati Zahrah, keduanya diminta memilih menyembang patung, membunuh, atau meminum khamar.
Keduanya sepakat memilih meminum khamar karena merasa dosanya paling kecil di antara syarat yang lain. Dalam keadaan mabuk, mereka berzina dengan perempuan tersebut. Ketika ada seseorang yang lewat, mereka lantas membunuh orang tersebut karena ketakutan. Kisah selanjutnya, mereka bertobat kepada Allah SWT dan diberi pilihan siksa di dunia atau di akhirat. Seperti versi yang lain, mereka memilih siksa di akhirat.
Namun, dua versi dari kisah di atas dibantah oleh Ibnu Katsir. Menurut dia, kisah-kisah dari beberapa versi tentang Harut dan Marut adalah kisah Israiliyah yang diragukan kebenarannya. Para mufasir dari generasi khalaf juga berpendapat kisah-kisah tersebut tidak masuk akal. Di antara mufasir yang berpendapat seperti itu adalah al-Qasimi, al-Maragi, Muhammad Abduh, dan Hamka.
Al-Qasimi dalam Mahasin at-Ta'wil berpendapat Harut dan Marut bukanlah malaikat. Mereka adalah dua orang yang berpura-pura saleh lalu mengajarkan sihir. Karena sihirnya, mereka dianggap malaikat oleh masyarakat. Sementara, al-Maragi dalam Tafsir al-Maragi berpendapat, Harut dan Marut adalah manusia yang memiliki sifat-sifat mulia sehingga diserupakan dengan malaikat.
Kisah-kisah tentang malaikat yang turun ke bumi, utamanya di daerah Babilonia, menurut Abdullah Yusuf Ali juga dipercaya dalam teologi Yahudi dan Kristen.
